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加西亚作为战争失败的直接负责人处境艰难，而坐在巴西帝国位子上面的佩德罗二世日子同样不好过。
战争失败，原本隐藏起来的矛盾全都浮出水面。
国家经济方面，佩德罗即位前期积累的家底在巴拉圭战争中消耗一空，几十万青壮年男子从事与战争相关的行业，促进了巴西军事工业的发展，但是对于国家宏观经济发展造成重大损失，战争前夕正在进行的工业化建设被迫中止，大量的铁路、工厂建设成了烂尾工程，前期投入的巨大财政资金短时间内看不到盈利的希望。
农业、轻工业发展减缓甚至倒退，在战争开始一年后，巴西帝国就开始从英法等国那里进口日常生活所需的粮食药品和轻重工业产品，政府和民间积攒的财富迅速流向英法等国，直接促进英法等国工业的发展。
巴西帝国发动战争不仅没有得到一块土地和一个英镑的赔款，连最南部的南里奥格兰州也被华人独立军夺去。
偷鸡不成蚀把米，佩德罗二世心情十分复杂，即为当初轻易挑起和巴拉圭的战争后悔，也埋怨加西亚作战失利，让华人独立军钻了空子致使主力部队全军覆没，假使没有华人独立军横插一脚，巴拉圭战事也不会败的如此难看。
后悔、怨恨，佩德罗二世的心情难以用语言描述清楚，不过即使心里如何不甘，结局也不能改变，佩德罗二世眼下要做的就是处理战争失败带来的一系列不利影响。
首先，加西亚作为保皇派的核心人物，佩德罗二世不能扔下不管，否则不仅会令保皇派寒心，同时也会增加共和派的气势，削弱巴西皇室的影响力和皇帝对巴西的控制力。
其次，巴拉圭战争失败后，玻利维亚、秘鲁蠢蠢欲动，秘鲁向巴西政府递交了商议两国有争议地区的归属问题，而玻利维亚总统阿道弗则公开宣布前总统与巴西所签订的一切协议无效，督促巴西军队退出占领的玻利维亚土地，否则玻利维亚军队将进攻侵略的巴西军队。
一石激起千层浪，巴西军队不过失败过一次，周围国家就恨不得冲上来从巴西身上撕下一块肉，佩德罗二世不认为玻利维亚、秘鲁有这样的实力，因为在这之前，进攻巴西马托格罗索州的巴拉圭军队已经被巴西军队驱逐出国境，如果不是巴拉圭战事导致巴西军队主力损失惨重，进攻马托格罗索州的巴拉圭军队将会付出巨大的代价。
秘鲁、玻利维亚的实力不放在佩德罗二世的眼中，不过秘鲁、玻利维亚、巴拉圭、华人独立军四个势力范围带来的威胁也不容小视。
如果四个势力暗中结成同盟对付巴西，巴西帝国就危险了。
佩德罗二世的担心有些多余，且不说华人独立军和秘鲁、玻利维亚都发生过冲突，就是四大势力结成同盟，因为地理环境的阻隔，也不能对巴西造成根本性的伤害。
秘鲁、玻利维亚对巴西提出要求有趁火打劫的味道，同时他们这样做也有各自特殊的国情驱使。
秘鲁、玻利维亚甚至巴拉圭主政领袖都是国内势力深厚的考迪罗，他们的上位不是依靠国内百姓的民主选举，而是手下将领和军官用步枪大炮把他们推上总统宝座，
因此，三个国家的总统们对巴西发出战争威胁不是基于国家实力的客观考量，而是为了自己的利益做出的一致选择。
军阀势力往往是狂热和非理性的，和华人独立军的作战使秘鲁和玻利维亚军阀势力损失了大量的利益，而损失最为严重的属于部队核心的中下层军官，他们的财物、粮食被华人独立军扫荡一空，损失巨大的他们需要从其他地方获得补偿。
秘鲁、玻利维亚军队不是华人独立军的对手，让他们向华人独立军报复不大可能，国内的印第安和普通农民的财富早已被军阀势力剥削一空，再次抢掠普通百姓获得的财物土地也有限，而且过于压迫国内的底层百姓又会激起类似华人独立军起义的事件，吃过一次大亏的两国执政者也不敢把事情做的太绝，给底层百姓留下了最基本的生活物资便停止了搜刮行动。
底层百姓生活困苦，军队士兵心怀不满，就在新任的玻利维亚总统阿道弗感到焦头烂额之际，传来了巴西军队在华人独立军和巴拉圭军队前后夹击下全军覆没，五万巴西主力逃回国内的只有五千人，阿根廷和乌拉圭部队也全缩回了国内，华人独立军抢占了南里奥格兰州并且打算作为根据地一直盘踞下去。
巴西军队主力丧失，华人独立军和巴拉圭在巴西旁边虎视眈眈，阿道弗原本担忧的收复国土问题看到了解决的曙光，同时利用巴西主力丧失的机会夺下盛产橡胶的阿克里地区，也可以获得经济上面的补偿，安抚住国内军队的情绪。
1867年梅尔加雷霍和巴西私下签订条约规定，巴西以边界地区领土换取阿克里地区，承诺修建连结两国的ore铁路，以解决玻外运产品通往大西洋出海口通道问题。另外，玻利维亚还将阿克里南部与北部巴西移民居住的地区让与巴西。这样，巴西从玻利维亚总共获得的领土面积为19.1万平方公里。而巴西方面付出的代价不过几百万巴西货币和