在搜捕华夏士兵的过程中，一些毫无军纪可言的鬼子兵还大肆强奸妇女、抢劫财物。
历史，在战后对日本战犯的审判中，许多南京市民指证日军“中岛部队”的暴行，这里的“中岛部队”，就是以中岛今朝吾为首的第16师团。
此时的第16师团，原师团长中岛今朝吾中将，已经在去年7月份，升任关东军第四军中将军司令官，由藤江惠辅中将接任师团长，中泽三夫大佐为参谋长。
第16师团下辖：步兵第19旅团，旅团长为草场辰已少将辖步兵第9联队，联队长为片桐护郎大佐步兵第20联队，联队长为大野宣明大佐步兵第30旅团，旅团长为佐佐木到一少将辖步兵第33联队，联队长为野田谦吾大佐步兵第38联队，联队长为助川静二大佐骑兵第20联队，联队长为笠井敏松中佐野炮兵第22联队，联队长为三国直福大佐工兵第16联队，联队长为今中武义大佐辎重兵第16联队，联队长为柄泽畔夫中佐。
另外，师团部还直辖通信队、病马厂、卫生队的第1至第4野战医院等作战辅助单位，是侵华日军的头等战力。